Sjedište župe bilo je u početku u Svetom Đurđu. 1730. spominje se u crkvenim dokumentima mali oratorij u Podgajcima koji već 1738. biva posvećen sv. Martinu biskupu. 1782. u spisima Kanonske vizitacije župe Sveti Đurađ spominju se Pogdajci kao filijala te drvena crkva koja je ozidana blatom 1757. godine. Nova crkva u Podgajcima sazidana je 1795. godine. A godine 1806. sjedište župe iz Svetog Đurđa prelazi u Podgajce gdje se župnik nastanjuje u novosagrađenoj župnoj kući. Za župnikovanja vlč. Antuna Regena crkva se 1874. godine produžuje i obnavlja. 1876.  godine nabavljeno je veliko zvono, a 1879. nova propovjedaonica te su pozlaćenim ukrasima urešeni glavni i dva bočna oltara.  1901. godine načinjen je novi okvir za sliku sv. Martina. Današnja župna crkva u novije je vrijeme nekoliko puta obnavljana i uređivana. Godine 2018. – 2019. darovima vjernika obnavljaju se i restauriraju tri oltarne slike koje su najvrednije kulturno blago ove crkve.